Auf jeden Fall würde ich immer ein separates Backup machen. Auch Hoster sind nicht unfehlbar. Und wenn es zu fachlichen Fehlern kommt hilft dir nur eine alte Datensicherung. Ich nutze dafür (WordPress-Blog) auch MySQLDumper (http://youtu.be/chIHzxcL9H8).
Es ist schnell eingerichtet und kann automatisiert werden. Es gibt zahlreiche Anleitungsvideos auf der Hompage vom MySQLDumper zur Einrichtung und Nutzung, oder auch auf youtube.