Wenn du es dir zutraust den PC komplett selbst zusammen zu bauen und dich auch soweit auskennst, dass du auch miteinander kompatible Komponenten auswählst, dann ist es definitiv am günstigsten die Einzelteile separat im Internet zu suchen!
Ich habe die Erfahrung gemacht, dass die oben erwähnten Läden zwar immer recht nah an dem "besten Preis" dran waren, in der Summe war der dort zusammengestellte PC aber doch zwischen 100 und 200€ teurer, als wenn man alle Teile einzeln bestellt. (auf die Versandkosten achten)
Um dir eine Idee für einen Beispiel - PC zu geben hier ein Artikel aus der Chip vom Oktober. Dort werden beispielhaft 3 PC - System für unterschiedliche Ansprüche und in unterschiedlichen Preisklassen zusammengestellt. Ausgehend davon kann man sich selbst recht schnell einen PC nach den eingenen Bedürfnissen zusammenstellen.
http://www.chip.de/artikel/CHIP-Online-PCs-Perfekte-Rechner-ab-500-Euro_33700997.html