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Vielleicht kannst du zuerst das Video in andere Formate konvertieren und dann bearbeiten.
z.B mit "Tipard MKV Video Converter"
http://de.brothersoft.com/Tipard-MKV-Video-Converter-155126.html?utm_source=gutefrage&utm_medium=qiao&utm_campaign=de
hoffe Ihnen helfen konnte :)