Javascript ist für Browser gedacht, um den Servern Rechenarbeit abzunehmen und Verbindungsaufwand abzunehmen (z.B. wenn schon im Browser geprüft wird, ob das Formular richtig ausgefüllt ist, braucht das nicht erst der Server festzustellen und es geht für alle Beteiligten schneller). Javascript heißt es nur aus Marketing Gründen - es ist einfach eine Scriptsprache, die Zeile für Zeile abgearbeitet wird.
Java ist da eher eine richtige Programmiersprache mit weit mehr Funktionen , Leistung und Macht (z.B. zum Schreiben von Dateien usw.). Java Programme können auch wesentlich komplexer sein, als Javascipt. Außerdem wird Java kompiliert - kann also nicht direkt verarbeitet werden, so wie du es geschrieben hast.

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/tmp und /var/tmp sollten eh bei jedem Shutdown oder Start gelöscht werden. Falls dort ältere Dateien sind, kannst du die normalerweise ruhig entfernen. Es sind temporäre Ordner, jedes Programm, das meint etwas dauerhaft speichern zu sollte das nicht dort tun.

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Ganz kurz gesagt, ist der Arbeitsspeicher (RAM) eben ein Speicher, der Daten für aktuelle Berechnungen des Prozessors bereithält und zwischenspeichert. Werden die aktuell nicht gebraucht, werden sie entweder gelöscht oder in "dauerhaften" Speichern wie Festplatte usw. abgelegt.
Er zeichnet sich dadurch aus, dass sehr schnell reagiert und eine hohe Lese- und Schreibgeschwindigkeit hat - der Prozessor müsste sonst lange warten, bis er neue Daten zur Verarbeitung bekommt. Nachteil: Er kann nicht dauerhaft speichern - ist die Stromzufuhr unterbrochen, ist der Inhalt weg Da die Programme und Aufgaben der Computer im komplexer werden, also mehr Daten verarbeitet werden müssen, ist der RAM auch immer großer geworden. Vergleich: der C64 in den 80ern hatte 64 Kilobyte, aktuelle Rechner normalerweise 4 Gigabyte - das .. fache .. sehr sehr viel mehr :)

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Der Link zu den Problemen mit Runtime.exec() http://www.javaworld.com/javaworld/jw-12-2000/jw-1229-traps.html

Die Anwendung:
Process prozess = Runtime.getRuntime ().exec ("/folder/auszufuehrendeExec.exe");

Um die Ausgaben des Prozesses umzuleiten noch:
stdin = prozess.getOutputStream ();
stderr = prozess.getErrorStream ();
stdout = prozess.getInputStream ();

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Wo genau die Dateien zu diesem Plasmoid liegen, kann ich dir auch nicht sagen, du kannst aber in den Einstellungen von Eieruhr auch einen Befehl eintragen, der ausgeführt wird, sobald die Zeit abgelaufen ist. Dort kannst du play /pfad/zur/audio/datei.endung eintragen. Dann kommt dein Sound der Wahl.

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