Du nimmst wahrscheinlich die Word-eigene Funktion fürs PDF-speichern. Die kann leider nicht viel. Transparenz bekommt es scheinbar ebensoweinig hin wie Links im Dokument. Da musst du wohl ein extra Programm für die PDF-Erstellung nehmen. Von Adobe etwa - kostet aber. Oder PDF-Creator.
Alternativ mal in OpenOffice.org das Dokument öffnen und wenn es optisch ok ist, dann das PDF damit erzeugen. Das kann auf jeden Fall mehr.

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Ich habe mich bisher immer davor gescheut, da selbst Hand anzulegen. Da hab ich immer TuneUp Utilities ran gelassen. Das säubert die Registry, die Platte und hat noch einige andere Funktionen.
Die Testversion davon ist für 30 Tage vollständig funktionsfähig. Danach kostets - aber zum mal ordentlich durchputzen reicht die Zeit ja allemal :D
http://www.tuneup.de/products/tuneup-utilities/

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