Mit Truecrypt kann man ganze Partitionen verschlüseln... ich arbeite aber mit "Containern", weil es keinen grossen Sinn macht, das System zu verschlüsseln. Das reduziert ein wenig die Performance und erhöht das Risiko, dass etwas beim System kaputtgeht und nicht mehr repariert werden kann. Das ist nur etwas für Menschen im Iran, in Syrien, in China ... überall dort wo der Staat Menschen noch mehr schikaniert, wie bei uns.
Gegen "Viren" oder andere "Schadstoffe" nützt, das Verschlüsseln, einer Partition nichts. "Viren", die nicht auf Hysterie beruhen, werden installiert, wenn das System läuft und werden, wenn das "System" verschlüsselt ist, auch in das (verschlüsselte) System eingebunden.
"Partitionen", sind nur noch dann angebracht, wenn man verschiedene Betriebssysteme auf einer Festplatte unterbringen will. Daten kann man besser, in einem speziellen SUB-Directory unterbringen, bzw in einem TrueCrypt Container, der dann ein "Laufwerk" wird.
Ich verstehe nicht, warum Du da eine Unix und eine Windows Partition GLEICHZEITIG öffnen willst .... Im Normalfall, laufen beide Betriebssysteme, nicht gleichzeitig. Man kann auch einen TrueCrypt Container, nicht mit einem CMD Job, gleichzeitig, mit LINUX und Windows, "mounten", weil der CMD-Job, seine Parameter nicht, von Windows an LINUX "übergeben" kann.