Die zählweisen sind bei den beiden recht verschieden.

Analytics zählt nur solche Besucher die wirklich die Webseiten aufrufen in denen der Analytics Code enthalten ist, und Javascript aktiviert haben.

Zudem filtert Analytics von Haus aus Bots usw. (Googlebots und ähnliches) raus, die ja keine echten Besucher sind.

Webalizer und andere, auf Logfiles basierende Systeme, zählen zum einen auch die Bots, aber beispielsweise auch wenn reine Bild Dateien und ähnliches von deiner Seite aufgerufen werden, also nicht nur HTML Seiten mit Code.

Die Wahrheit liegt sicher irgendwo in der Mitte, aber die Bots machen recht viel aus, deshalb ist Analytics eher realistisch was menschliche Besucher betrifft (ausser du hast viele Bild-Abrufe oder ähnliches, von Leuten die keine anderen Seiten besuchen).